Sau khi nhường ngôi cho con trai là Trần Anh Tông vào năm 1293, Vua Trần Nhân Tông xuất gia tu hành tại chùa Khai Phúc thuộc hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình)[2], đến năm 1299 vua rời đến Yên Tử (Quảng Ninh) tiếp tục tu hành và thành lập Thiền phái Trúc Lâm (còn gọi là Trúc Lâm Yên Tử hay Trúc Lâm Tam tổ)[3].

Thiền phái Trúc Lâm do một vị vua nhà Trần sáng lập, được xem là dạng Phật giáo chính thức của Đại Việt thời đó nên có liên quan mật thiết đến triều đại nhà Trần, phải chịu một hoàn cảnh mai một sau khi triều đại này suy tàn. Vì vậy, sau ba vị Tổ là Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang, hệ thống truyền thừa của phái này không còn rõ ràng, nhưng có lẽ không bị gián đoạn bởi vì đến thời kì Trịnh-Nguyễn phân tranh (1600-1700), người ta lại thấy xuất hiện những vị Thiền sư của Trúc Lâm Yên Tử như Viên Cảnh Lục Hồ, Viên Khoan Đại Thâm và nổi bật nhất là Thiền sư Minh Châu Hương Hải (theo Nguyễn Hiền Đức).[4]

Sau một thời gian ẩn dật, dòng thiền này sản sinh ra một vị Thiền sư xuất sắc là Hương Hải, người đã phục hưng tông phong Trúc Lâm. Trong thế kỉ thứ 17-18, thiền phái này được hoà nhập vào Lâm Tế tông và vị Thiền sư xuất sắc cuối cùng là Chân Nguyên Huệ Đăng.[4]

Sau đây là hệ thống truyền thừa trong Đại nam thiền uyển truyền đăng lục (大南禪苑傳燈錄), được Thiền sư Phúc Điền (福田) đính bản:

1. Trần Nhân Tông
2. Pháp Loa
3. Huyền Quang
4. An Tâm (安心);
5. Phù Vân Tĩnh Lự (浮雲靜慮);
6. Vô Trước (無著);
7. Quốc Nhất (國一);
8. Viên Minh (圓明);
9. Đạo Huệ (道惠);
10. Viên Ngộ (圓遇);
11. Tổng Trì (總持);
12. Khuê Sâm (珪琛);
13. Sơn Đăng (山燈);
14. Hương Sơn (香山);
15. Trí Dung (智容);
16. Huệ Quang (慧 光);
17. Chân Trụ (真住);
18. Vô Phiền (無煩).[4]